Shung Tsung'un yenilgisi ardından, yenilgiyi hazmedemeyen Shung Tsung , Baraka'yı Wu Shi Academy'i Tarkatan ordusu ile kuşatması için görevlendirir. Wu Shi Academy'de Earthrealm'ı kurtarmış Johnny Cage, Lui Kang, Kung Lao ve Sonya Blade'in ödül törenleri sırasında Kuşatma başlar. 4'lü grup akademiyi korurken Sonya Blade kaçırılır ve birçok Shaolin Öğrencisi öldürülür. Sağ çıkan Lui Kang ve Kung Lao, arkadaşlarını bulup intikamlarını almak üzere harekete geçerler.
